公元前六世纪，孔子（周润发 饰）受到鲁定公（姚鲁 饰）赏识，从中督宰晋升为大司寇，这让他得以实行自己的以礼治国的执政理念。
但是，三桓独霸朝纲，也让孔子感受到了重重阻力。他因阻止季桓子（陈建斌 饰）家奴免受陪葬，而与之结怨。他随鲁定公赴齐国会盟，与齐景公（马精武 饰）和大夫黎鉏（王绘春 饰）斗智斗勇，维护了鲁国的利益，讨回三城，因此出任代国相。他提出隳三都的政策，引发佞臣谋反，在平叛之后，季桓子假传圣旨，罢黜了孔子。从此，孔子率颜回（任泉 饰）、子路等弟子开始游历各国。在卫国，孔子得到卫灵公的尊重，获俸粟6万石。他见到了卫灵公的夫人南子（周迅 饰），并在交谈中展现了正气凛然的君子风范。 电影中的孔子虽然一直寻觅“知音”，但结局却知音寥寥。《孔子》的故事不是一部圣人传记，说到底是一部关于自我认同的故事。“孔子众门徒与孔子的关系”和“子见南子”是《孔子》的两大部分，无论是众门生还是南子，都是在彼时为数不多的孔子“知音”。而惨烈的不止是知音者寥寥，而是知音们的结局死的死，伤的伤，无一不以怅然落幕。所以本片着墨于“子见南子”与“颜回救书简”，孔子明知南子赏识他，亦无法留在卫国；明知颜回落水性命堪舆，亦无法营救——通篇其实是在制造一种关于人物的“无力感”：既无法改变时局，亦无法改变身边人的命运。 这也是电影的另一个主题，就是孔子“无为”的由来。电影中年轻的孔子有一身鸿图抱负，不认同老子的“无为而治”，而希望能够凭借一己之力改变时局。但迎接他的却是其后的风餐露宿，颠沛流离，几近丧家之犬，理想主义要被挖空殆尽。在电影结尾，孔子的背影一袭白衣，与老子相若无几，他最终领会到“不参政事”以及“无为而治”，“改变不了世界，只能改变自己的内心。”电影看似描摹了一个理想主义失败者的落魄与无奈，实际上是叙述了另外的一番“豁然开朗”：以“传道授业解惑”来终其一生，用“无为”来“有为”，结尾孔子死后鲍德熹的镜头探到窗外，一片淡定从容的画卷，正与此心态相得益彰。 电影讲到尾巴的时候已经立意鲜明，《孔子》从入世到出世，最后希望逃避政治与争端。“泥上偶然留指爪，鸿飞哪复计东西”，戏中的孔子领悟到生命中弥足珍贵东西相当多：师生之情，知音之情，家园之情……而那些党同伐异的斗争并无意义。这也是这部电影为什么显得相当“中庸”的原因，因为他要表达的本身就是“无为”的价值观。因为缺失激烈的矛盾与可看性强的戏剧性斗争，所以电影节奏显得相当缓慢。不过原本希望“逃避政治”的《孔子》，却因循坠入戏外的“舆论口角”之中，这岂非另外一种黑色幽默？
