穹顶之下第二季剧情如下：
1）第二季的故事情节延续第一季，故事时间将再次过去两周。第二季将揭示穹顶的新变化：它变成了一个巨大的磁场，切斯特磨坊镇的所有金属物体、汽车等全都被吸到了天空。谁也不知道这会对穹顶内的人和物造成什么影响。
2）第二季加入了新的人物，穹顶带给人们的考验也越来越严峻。被茱莉亚和山姆救起来的神秘落水女子的出现直接导致了第二集安琪的死。同时，在第一季末尾出现的科学老师丽贝卡在这季里戏份开始加重，她提议在穹顶中心制造人工磁场，但新的一波脉冲致使更多的人晕倒。
3）最后安琪夜晚跟踪神秘女孩至学校却遭遇恶手。跟穹顶一直有联系的帝王蝶在磨坊镇迅速繁殖，丽贝卡建议吉姆采取灭杀措施，芭比自告奋勇开启飞机播撒农药，因机翼太过靠近穹顶，芭比差点和飞机一起坠毁。
