据《长安县志—寺观志》记载，古长安归元寺始建于唐贞观年间，当年唐三藏法师玄奘西行印度求法出长安西门，沿如今的西兰北路上行；归来时，顺西兰南路折返。归元寺即是玄奘法师求法归来后进入长安城前住锡之最后一站。 当地传说，归元寺最早为隋代的行宫，杨广曾来此射猎，唐时改为寺院。
修缮重建
归元寺[陕西西安归元寺]
改革开放以来，随着党和国家宗教政策的全面落实，古老的长安归元寺迎来了新生。尤其是2002年上慈下光法师受邀主持归元寺以来，归元寺得到了快速发展。迄今为止，归元寺先后恢复了三门、天王殿、地藏阁、方丈室、五观堂及僚房若干间，并重新修葺了卧佛殿，新建了归元念佛堂。
二十世纪八十年代，附近村民开始发心恢复寺院。2002年，寺院现任住持方丈释慈光与四众共同发心，翻修了卧佛老殿，重建了山门、寮房和斋堂等，又投资八十多万建成念佛堂（即后殿），使道场初具规模，佛事活动也得到了恢复。
