这两所院校我个人觉得不能单纯的看哪所学校的好与坏，本身就是两所完全方向不同的院校。上海海事大学是一所理工类院校，而上海海洋大学是一所农林类院校，根本就没有比较的意义，地理位置不错，学校还算是可以的。
上海海事大学是一所以海洋、物流等专业为其特色，其他多学科共同发展的重点院校，学校是由2008年，交通部、上海市政府共建。目前拥有博士学位授予权，在校生达22000人左右。
学校拥有国家特色专业，分别是：“航海技术、物流管理、航运管理、轮机工程、机械设计制造及其自动化”。而上海海洋大学是一所由海洋局、农业部、上海市政府，共建的一所院校，并且入选一流学科的高校。学校目前拥有两个校区，开设二级院系14个，在校生有15000人左右。
学校拥有国家特色专业5个，分别是：“农林经济管理、水产养殖学、生物科学、食品科学与工程、海洋渔业科学与技术”。总的来说，两所学校的实力也都是不错的，各有其特色。读大学读的是专业，没必要计较谁强谁弱的。
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