综合有如下几个原因：
其一是安庆起义失败殃及大通学堂。绍兴大通学堂系徐锡麟等所创办，这在当时社会上包括官府都知道，1907年7月6日徐锡麟在安庆起义失败后，势必殃及绍兴大通学堂，并牵涉到主持大通学堂的秋瑾。
其二是金华武义泄密。秋瑾的弟弟秋宗章在《大通学堂党案》中写道（族魂网发表）：“五月二十九日，浙抚张曾扬致绍兴府知府贵福电云：据金华嵩电：‘武义获匪聂李唐等供出党羽赵洪富’，又前准南洋大臣电：‘查拿匪党许道亨即振鹏’。足下办理此案务当慎重。（按：洪富，字卓斋，缙云人，竺绍康之妻弟，任大通学堂会计。振鹏，字云祥，别号道亨，嵊县西乡人）”。因此，清政府破获金华武义革命党人后，其案又牵涉到了绍兴的大通学堂。
其三是绍兴绅士胡道南的告密。2008年7月11日，齐齐哈尔龙沙区的网站上发表了《百年之后读秋瑾》的纪念文章，其中写道：“……贵福在杀秋瑾前一天给巡抚的电文中说，是胡道南告诉他：秋瑾要和竺绍康等人密谋起事，竺是平阳党首领，有党羽上万人。这就让胡道南的告密身份被确认下来了。当年秋瑾和胡道南都在日本留学，因为谈革命和男女平等等问题，两人意见不同，率直无忌的秋瑾当面骂胡是‘死人’”。
如今网上还流传“徐锡麟二弟徐伟供词中牵连到秋瑾”的言论，而且越传越多，越传越真，实际上这是误传，所有的正史上根本没有这种说法。当时徐伟在供词时相当机智，一直与敌人周旋，始终没透露革命党的实质性内容，也没有暴露自已光复会成员的身份。具体可参阅《绍兴文史资料选辑第四辑——徐锡麟史料（徐伟供词、讯徐伟之形情）》。
其实秋瑾劫难尽管有上述三方面原因，但直至秋瑾被极刑，清政府还是没有掌握秋瑾是革命党的直接证据。由于清政府害怕革命党人，在浙江巡抚张曾扬、绍兴知府贵福的相互作用下，仅三天时间，就将秋瑾杀害。以致舆论四起，普遍称之为“秋案冤狱”。如《述浙省官吏之罪状》有：妄杀秋女士，无口供、无见证、无实据。《浙江之危机》有：杀学生，杀女士，无口供，无确证，仅谓"有通匪笔据"、"有绍绅告密"。《神州女报•秋瑾有死法乎》有：浙吏之罪秋瑾也，实为不轨、为叛逆。试问其所谓口供者何若？所谓证据者何若？则不过一自卫之手枪也，一抒写情性之文字也。《驳浙抚和绍兴知府致电军机处电文》有：绍府蒙上，浙抚欺君，秋瑾无供无证，处以极刑，无法可据。彼所根据者，是彼心腹中野蛮之法律。
绍兴知府贵福在舆论压力下，也深以没有确凿证据为忧。因对被捕的六名大通学堂学生及教员严刑逼供，"跪火练、火砖，惨状不忍睹"，企图从他们口中得到秋瑾“通匪”的证据，但终无所得。浙江巡抚张曾扬很头痛，最后在近一个月后的8月13日，在上海《申报》公布一份口供。但当时《申报》有个“编者按”，公开对这个“供词”的真实性表示怀疑。《时报》也认为是浙江官场授意模仿秋瑾笔迹伪造的。
综上所述，秋瑾劫难既有“三方面”的综合因素，也有清政府各级官吏害怕革命党，为了确保自已乌沙帽，宁可错杀也在所不惜的这种心理状况下造成的。
